该公司未取得建筑工程施工许可证，擅自开工建设的行为， 违反了《中华人民共和国建筑法》第七条第一款的规定，根据《中华人民共和国行政处罚法》第十八条和《建设工程质量管理条例》第五十七、七十三条的规定，对该公司作出如下行政处罚：

一、对该公司处工程价款百分之一，安置面积免予处罚，处人民币玖拾玖万玖仟贰佰柒拾壹元零叁分（999271.03元）的行政处罚。

二、对该单位负责该项目的主管人处以单位罚款数额百分之五，人民币肆万玖仟玖佰陆拾叁元伍角伍分（49963.55元）的行政处罚，直接责任人员处以单位罚款数额百分之五，人民币肆万玖仟玖佰陆拾叁元伍角伍分（49963.55元）的行政处罚。